南通综合保税区于2013年1月3日经国务院批准设立，规划面积5.29平方公里，实行“一区两片”的发展格局。其中，A区位于原南通出口加工区范围内，规划面积1.5平方公里；B区位于苏通长江大桥东侧2公里处，规划面积3.79平方公里，紧邻规划中的年吞吐量200万标箱的集装箱码头，规划面积3.79平方公里。南通综合保税区位于南通市区东南部，与上海自贸区隔江相望，借助优越的区位，云集国内外知名企业，辐射周边开发园区，惠顾地区集群经济。

  南通综合保税区具9大区域功能：
1.保税加工：将未办理纳税手续进境的货物，在区内加工装配后复运出境，或将保税进口料件加工的成品转至另一海关辖区内的加工贸易企业进一步加工后复出口。
2.口岸作业：接收、发送、存储、中转通过南通综合保税区进出境的货物以及其他未办结海关手续的货物，开展货物装卸、接驳、拖运、存储等基本的货运口岸作业业务。
3.保税仓储：保税存储进出口货物和其他未办结海关手续的货物。
4.国际采购与配送：企业可在境内、外自由采购货物，可将货物自由配送给境内、外企业，也可与国内其他海关特定监管区域间转移。
5.国际转口贸易：货物在区内存储后不经加工即转手出口到其他目的国和地区。
6.研发：区内研发机构购置的研发设备免征进口关税和进口环节增值税，研发料件保税，可将研发成果转让给境内外机构产业化。
7.检测与维修：高技术含量、高附加值产品检测，国产出口货物售后维修。
8.展览展示：发展与保税加工、保税物流相关的展览展示及相关的交易业务。
9.对外贸易：充分发挥区位与功能政策条件、延伸适用快速通关、商品保税、仓储物流等政策，开展对外贸易。

通路：综合保税区内道路环通成网，道宽22米以上，与开发区、主城区和周边城市均有高等级公路、高速公路相连接。
通电：综合保税区内企业可实行双回路不间断供电。开发区内已有4座220KV输变电站和10座110KV输变电站，可为综保区内用户提供110KV、20KV、10KV等不同电压等级的电源，生产、生活用电供应充足。
通自来水：开发区内的洪港水厂供水能力为60万吨/日，同时南通市狼山水厂可向开发区供水5万吨/日，两水厂向综合保税区内双水源供水。
通下水：实行雨、污水分流，雨水管和污水管已经分别环通。
通污水处理：综合保税区内排污管道直通开发区污水处理厂，污水处理一厂目前能力为10万吨/日，污水处理二厂目前能力为5万吨/日。工业污水经企业处理达到三级标准后，送到污水处理厂，经生化处理达标后排入长江。
通蒸汽：开发区、综保区统一规划，实行集中供热。已建成热电厂2座，集中供热能力为900吨/小时。开发区蒸汽管道已接到综保区，能满足区内企业的需要。
通讯：开发区内通讯设施先进，具备3万门程控电话交换能力，可提供国际国内直拔、数据通信、光纤宽带、传真等服务。
一平：保持土地平整的自然地貌，地面无建筑物。
一防：组建了国家级开发区中第一支企业特种联合消防队，这支消防队可为综合保税区内企业提供服务。
标准厂房：根据入区企业的要求，提供标准厂房，可买可租。
重点发展产业：
先进制造业：光电信息、精密机械、医药健康、装备制造、新材料、新能源、高档纺织等先进制造产业的加工制造。
现代物流业：区域性国际物流中心、国际配送与分拨中心、国际采购中心，发展第三方和第四方物流，延伸物流供应链和分销链。
创新服务业：大力发展研发中心、数据处理中心、结算中心、测试中心等创新型服务产业，拓展融资租赁、离岸金融业务。
保税服务业：打造国际棉花展览展示中心，船舶与海工配件展览展示中心，进口设备、工业装备、消费品展览展示中心等展览展示产业集群；吸引飞机及其部件、航空航天等高端检测、维修项目；鼓励贸易企业入区发展。